नवगुरुकुल का विज्ञान केंद्र छात्रों को विज्ञान के विभिन्न आयामों से परिचित कराएगा. इसके प्रमुख विभागों के रूप में भौतिकी (physics), रसायनशास्त्र (chemistry) and जीव-विज्ञान (biology) के साथ-साथ स्वास्थ्य (Human health) भी होंगे. विज्ञान केंद्र में विज्ञान-विषयक प्रयोगशालायें तो होंगी ही, पर इसका विशेष आकर्षण होगा विद्यार्थियों के गतिविधि केंद्र! इन गतिविधि केन्द्रों में विभिन्न विद्यार्थी अपनी-अपनी रूचि के अनुसार विभिन्न विज्ञान-विषयक प्रोजेक्ट्स पर अच्छे शिक्षकों के निर्देशन में काम कर सकेंगे एवं अपनी मौलिक प्रतिभा का विकास कर सकेंगे. वे अपनी रूचि के अनुसार नए प्रयोगों की योजना बना सकेंगे एवं नए प्रयोग कर सकेंगे.
संक्षेप में कहा जाए तो विज्ञान केंद्र का काम है विद्यार्थियों के वैज्ञानिक अभिरुचि को विकसित करना और उन्हें विज्ञान से भली-भांति परिचित कराने के लिए आवश्यक स्थान, संसाधन एवं मार्गदर्शन तथा प्रेरणा उपलब्ध कराना.